Ces questions, extrêmement délicates, ont été en partie tranchées par la Cour européenne des droits de l’homme dans trois décisions d’irrecevabilité. Les deux premières concernaient M. Baudler et M. Reuter, pasteurs dans des paroisses de l’Eglise protestante, en Allemagne ; la dernière affaire était relative à des officiers de l’Armée du Salut.

Dans les trois cas, suite à des dissensions avec leurs Eglises respectives, les requérants avaient été soit mis en disponibilité, soit mis à la retraite, soit mutés. MM. Baudler et Reuter formèrent, devant les autorités ecclésiastiques, plusieurs recours qui furent tous rejetés. Ils se dirigèrent alors devant la Cour constitutionnelle fédérale, qui déclara leurs recours irrecevables, pour non-épuisement des voies de recours devant les juridictions administratives.

Ils satisfirent cette condition, mais ici encore, leurs requêtes furent considérées comme irrecevables, car les décisions contestées concernaient le statut ou les missions des pasteurs, et relevaient donc uniquement des affaires internes de l’Eglise.

En effet, les juges administratifs mirent tous l’accent sur le droit d’autonomie des Eglises – consacré par la Constitution de Weimar, elle-même intégrée dans la Loi fondamentale -, qui inclut la libre détermination des Eglises, tant dans leur organisation que dans leurs dogmes et dans leur gestion du personnel. De plus, les Eglises n’avaient pas souhaité ouvrir à un contrôle judiciaire les relations juridiques avec leurs ministres du culte, alors qu’une telle possibilité est offerte aux Eglises (lorsque celles-ci ont le statut de droit public) en vertu d’une loi-cadre sur le statut des fonctionnaires. Dès lors, les litiges n’étaient pas régis par des dispositions du droit de l’Etat, et échappaient au contrôle de ses juges.

Enfin, les requêtes furent également rejetées par la Cour constitutionnelle fédérale. Bien que celle-ci accepte d’effectuer un contrôle judiciaire restreint des décisions ecclésiastiques, et d’examiner leur validité – et non leur légalité – donc de vérifier qu’elles n’enfreignent pas les principes fondamentaux, les bonnes mœurs ou l’ordre public, elle estima que les recours constitutionnels n’auraient pas abouti, car rien ne permettait d’établir que les mesures étaient arbitraires.

Quant aux époux Müller, ils contestèrent directement leur cessation d’activité devant les juridictions civiles, et ne saisirent pas la commission d’enquête de l’Armée du Salut. Les juges civils conclurent cependant que la demande, recevable, était mal fondée : selon eux, la question de déterminer si une mesure ecclésiastique est ou non soumise au contrôle des juges étatiques ne doit pas être examinée lors de la recevabilité, mais lors du bien-fondé de la demande. Pour autant, la Cour conclut de façon identique que dans les précédentes affaires. 

Devant la Cour européenne, les différents requérants avançaient le fait qu’ils n’avaient pas eu, lors de leurs nombreux recours, accès à un tribunal afin de contrôler les décisions ecclésiastiques, puisque les juges étatiques considéraient qu’elles ne relevaient que des affaires internes des Eglises.

La question qui se posait était alors de déterminer dans quelle mesure les Eglises peuvent gérer leurs affaires internes, et quelle est l’étendue du droit d’autonomie qui leur est reconnu.

Le problème peut sembler insoluble, et n’offre que deux solutions, chacune ayant ses avantages et ses inconvénients. Soit on reconnaît aux juges étatiques la compétence pour se prononcer sur des mesures a priori purement religieuses, ce qui en quelque sorte les « laïcise », et permet la sauvegarde des droits et libertés individuels. Soit l’accent est mis sur l’autonomie des Eglises, leur libre détermination, ce qui interdit alors toute immixtion de l’Etat dans les affaires religieuses – et revient à un régime de séparation entre Eglises et Etat -, mais confère alors une certaine immunité à ces institutions, leur permettant de violer ces mêmes droits et libertés.

La Cour déclara les trois requêtes irrecevables : pour les deux premiers requérants, elle admet que les décisions qui avaient été prises à leur encontre ne se fondaient que sur des dispositions des Eglises régissant le service, les missions et le statut des pasteurs. Aussi, le droit de l’Etat était exclu, ses juges également. Par ailleurs, les différents recours n’avaient pas porté sur un droit reconnu en droit allemand.

Quant à l’affaire Müller, le juge européen relève que les juridictions nationales avaient accepté d’exercer un contrôle restreint sur la décision ecclésiastique ; aussi les requérants pouvaient ici invoquer un droit reconnu par le droit allemand, et l’article 6§1de la Convention pouvait s’appliquer. Pour autant, et dans tous les cas, rien ne permettait d’établir que les mesures avaient été arbitraires, contraires aux principes fondamentaux, aux bonnes mœurs ou encore à l’ordre public.

Par conséquent, ces trois décisions reflètent assurément les positions très inconfortables auxquelles sont soumis les différents juges : faut-il reconnaître que des actes qui ne relèvent pas de la puissance publique n’ont aucun effet civil, et échappent totalement au contrôle des juridictions étatiques ? Permettre aux institutions religieuses d’avoir leurs propres organes juridictionnels garantit, certes, leur autonomie, mais celle-ci ne doit sans doute pas s’exercer au détriment des droits et libertés protégés par la Convention. Le juge européen a estimé que tel n’était pas le cas en l’occurrence, puisque des contrôles, restreints, permettaient de vérifier la validité des mesures ecclésiastiques, et que les principes fondamentaux étaient respectés. Il est assurément délicat d’assurer l’équilibre entre ces différents droits.